El 25 de julio de 1824, la Municipalidad de Nicoya, pueblo del Partido del mismo nombre, en cabildo abierto decidió anexarse al Estado Libre de Costa Rica, ayuntamiento que estuvo integrado por el Jefe Político don Manuel Briceño, quien lo presidió y por los regidores señores Toribio Viales, Ubaldo Martínez y Manuel García. La Constitución Política de 30 de noviembre de 1848, en el artículo 8º, estableció por primera vez las denominaciones de provincia, cantón y distrito parroquial.
De conformidad con la anterior disposición, en ley No 36 de 7 de diciembre de 1848, se creó Nicoya como cantón número dos de la Provincia Guanacaste.
El origen del nombre del cantón, según don Manuel María de Peralta, en su ensayo sobre Los Aborígenes de Costa Rica, Nicoya es una palabra indígena del nahualt, Necocyanh; de necoc: de ambos lados, de una y otra parte; yauh: su agua, de i, adjetivo posesivo de la tercera persona y de auh o atl, agua; es decir necociatl, Necoyauh, Nicoya; que significa país con agua en ambos lados.
De acuerdo con el último censo del año 2011 tiene 50 825 habitantes y una extensión territorial de 1333,68 km².